• Năm 2012 được coi là năm đầy khó khăn đối với Ngân hàng Nông nghiệp và Phát triển nông thôn Việt Nam. Tính đến hết ngày 30/6/2012, Agribank có tỷ lệ nợ xấu cao nhất trong nhóm các ngân hàng thương mại Nhà nước. Theo số liệu của các tổ chức tín dụng báo cáo, tỉ lệ nợ xấu của Ngân hàng Agribank chiếm 6,14%.[8]
• Theo thông báo được Bộ trưởng Bộ Công an Trần Đại Quang công bố tại Hội nghị ở Hà Nội ngày 23 tháng 1 năm 2013 thì ông Phạm Thanh Tân, nguyên Tổng giám đốc Agribank đã bị cơ quan điều tra bắt và khởi tố về tội "thiếu trách nhiệm trong quản lý kinh tế gây hậu quả nghiêm trọng". Báo Tuổi Trẻ hôm sau cho hay ông Tân cùng một số cá nhân khác bị khởi tố và bắt tạm giam do liên quan đến vụ thiệt hại 3.900 tỷ đồng tại Agribank chi nhánh Nam Hà Nội[9]. Trước đó, Cơ quan điều tra Bộ Công an đã khởi tố và bắt tạm giam bà Phạm Thị Bích Lương (44 tuổi), nguyên giám đốc Agribank chi nhánh Nam Hà Nội, về sai phạm trong việc cho Công ty liên doanh Lifepro Vietnam vay vốn đầu tư dự án.[10].
• Ngày 9 tháng 1 năm 2014, ông Kiều Trọng Tuyến, nguyên Phó Tổng giám đốc Ngân hàng Nông nghiệp và phát triển nông thôn VN (Agribank), đã bị khởi tố, bắt tạm giam để điều tra cũng về hành vi thiếu trách nhiệm trong quản lý kinh tế gây hậu quả nghiêm trọng.[11]
• Tháng 7 2014, ông Phạm Ngọc Ngoạn, nguyên Ủy viên hội đồng thành viên Agribank, nguyên Giám đốc, Chủ tịch HĐTV Công ty In – Thương mại và Dịch vụ Agribank, bị bắt[9].
• Ngày 20 tháng 9 năm 2014, ông Đỗ Tất Ngọc, nguyên Chủ tịch HĐTV Ngân hàng Nông nghiệp và Phát triển Nông thôn Việt Nam (Agribank) đã bị bắt giam để điều tra về những hành vi vi phạm pháp luật, cụ thể là hành vi "Cố ý làm trái quy định của Nhà nước về quản lý kinh tế gây hậu quả nghiêm trọng". Theo tờ Đầu tư chứng khoán, trong năm 2009, thực hiện chủ trương di chuyển nhà máy in ngân hàng I ra khỏi nội thành, ông Ngọc đã ký quyết định của Hội đồng thành viên Ngân hàng Agribank phê duyệt đầu tư Dự án nhà máy in ngân hàng tại huyện Mê Linh, Hà Nội. Từ đó, Công ty In dịch vụ ngân hàng thuộc Agribank đã ký hợp đồng kinh tế với Công ty INED để nhận chuyển nhượng quyền sử dụng đất thuê trả tiền hàng năm tại khu vực Quang Minh, huyện Mê Linh, Hà Nội, hơn 20.300 m2 đất, trị giá hơn 93 tỷ đồng. Đến nay dự án xây dựng nhà máy in vẫn chưa triển khai. Trong khi đó, Agribank đã chuyển hơn 90 tỷ đồng cho Công ty INED, hiện không có khả năng thu hồi cho Nhà nước[12].
• Gần đây cơ quan điều tra cũng đã khởi tố, bắt tạm giam đối với ông Phạm Ngọc Ngoạn (58 tuổi, trú tại phố Hàng Bài, Hà Nội), nguyên thành viên Hội đồng thành viên Agribank; nguyên Giám đốc, Chủ tịch Hội đồng thành viên Công ty In – Thương mại và Dịch vụ Agribank (nay là công ty TNHH một thành viên dịch vụ Agribank, về hành vi "Cố ý làm trái quy định của Nhà nước về quản lý kinh tế gây hậu quả nghiêm trọng.[12]

Từ tháng 10 đến tháng 12 năm 2015, Tòa án nhân dân tại Hà Nội và Thành phố Hồ Chí Minh đã khởi án 4 vụ về tội Vi phạm quy định về cho vay làm cho Agribank mất 450 tỷ, 600 tỷ, 966 tỷ, và 2.755 tỉ đồng. Một cựu tổng giám đốc Công ty con của Agribank đã bị xử 5 lần, lần cuối bị 18 năm tù, sau 2 lần bị án 12 và 15 năm tù và 2 lần bị án tử hình.